A törökök 1541-1686 között uralták Budát. A Mátyás templomot azonban nem bántották, mert ők is főtemplomnak használták. A belteret azonban nagymértékben átalakították. A jezsuiták 18. századi építkezései aztán végzetessé váltak. Nagy épületeket ragasztottak a templom oldalához: kollégiumot (kolostort) és egy papneveldét. Átépítésekkel eltüntették a középkori csúcsíves díszítéseket, majd az 1723-as tűzvész után a hagymatető helyére csak lapos szükségtetőt építettek, ami a 19. század végéig meg is maradt. A rózsaablakot elfalazták, helyére kettős ablakot vágtak, a nyugati kapu bélletét beburkolták, eléje barokk csarnokot építettek, stb. 1773-ban XIV. Kelemen feloszlatta a jezsuita rendet így a templom átszállt a fővárosra, mely csak kisebb építkezéseket hajtott végre rajta. A restaurálás gondolata és végrehajtása egyre sürgetőbb volt, így 1873-ban Schulek Frigyest bízta meg a Műemlékek Bizottsága a tervek elkészítésével. A cél az volt, hogy a templom a 13. századi állapotnak megfelelően, a Mátyás-torony pedig építésének megfelelően késő gótikus stílusban készüljön el. Schulek aztán nekilátott és rengeteg ásatási munkát vezetett a templom körül és az épületen belül is, hogy semmi részlet se kerülhesse el a figyelmét. Olyan maradványokra bukkantak, amikről azelőtt nem is tudott senki, annyira a feledés homályába mentek. A munka 1875-ben kezdődött meg és egészen a századfordulóig tartott. A templom így nagy nehézségek árán ugyan, de elnyerhette mai alakját. Külseje csupa elevenség, csupa élénk ütem. A Béla-torony (északi rész) román kori jelleget mutat, alsó részét és első emeletét nagy faltömegek jellemzik. A második emelet és a tető már Schulek műve, ennek már több életet adott. A toronyhoz csatlakozó homlokzat is ugyanezeket a jegyeket viseli, de párkányzáródása magasabb. Az átmeneti stílusban épült főkapu felett rózsaablak található, melynek szerkezete megfelel az eredetiének.