Családja - a Bakony vidéki Zsedényi - nemzetség szántóvető, kisiparos família. A művész kaposvári gimnáziumi tanár apja Vaszar községből származott el, innen a későbbi családi név. Vaszary János már kaposvári gimnazista korában rajzolt, s ezt folytatta 1882-85 között a kolozsvári piarista gimnáziumban. 1885-87-ig a Mintarajziskolában Székely Bertalan növendéke volt. 1887ben beiratkozott a müncheni akadémiára, de fejlődését főleg a Hollósy -kör irányította. 1899-től Párizsban a Julian Akadémián tanult. Stílusát ettől kezdve a párizsi festészeti irányok alakították. 1891-ben Rómában járt, majd rövidebb hazai tartózkodás után 1893-ban ismét Párizsba utazott. Kezdő korszakában úgyszólván egy időben a szecesszióhoz közelítő gobelineket tervezett és realisztikus életképeket festett (Részes aratók; Szolgalegény). 1905-ben Olasz-, Spanyol- és Franciaországban járt tanulmányúton. Ettől kezdve vált uralkodóvá művészetében a kolorit (Pihenő nógrádi búcsúsok). Stílusa egyre oldottabbá vált, s az impresszionizmus felé fordult (Álarcos bál; Tatai strand).

Az I. világháború alatt haditudósítóként a sajtó hadiszálláson dolgozott és részt vett annak mindhárom kiállításán. Művészetében dokumentatív, összefogott valóságábrázolás jelentkezik. (Vonuló foglyok). 1918-20 között ún. kék-korszakában drámai képeket festett, biblikus témák aktualizálásával beszélt a háborús évekről (Golgota, Levétel a keresztről, Jézus siratása, Siratóasszony). 1920-ban a Képzőművészeti Főiskola tanára lett. Ekkor alakult ki jellemző stílusa, amelyet a spontán vázlatos festés jellemzett. Birskörték és Ébredés c. képei mutatják friss festői temperamentumát. 1925 után fokozatos változás ment végbe festészetében, mely letisztulva az egyszerűség felé halad ún. fehér alapos utolsó korszakában (Hotel hallban, Táncospárok, Veréb, Parkban, Városi világítás, Korzó). 1926-ban a Tihanyi Biológiai Intézet részére faliképeket készített. E korszakának fő műve a Parkban c. képe. 1930-tól stílusa még oldottabbá, vázlatosabbá vált. Ez idő tájt már igen nagy hatással volt a fiatalokra, a Képzőművészek Új Társasága (KUT) egyik vezető mestere, majd az Új Művészek Egyesülete (UME) alapítója lett. Több művészeti díj birtokosa volt, így 1898-ban társulati díjat, 1902-ben pedig állami kis aranyérmet nyert. 1906-ban és 1912-ben a Nemzeti Szalonban, 1909-ben, 1920-ban és 1924-ben az Ernst Múzeumban, 1928-ban pedig az UME rendezésében mutatta be kollektív anyagát. 1929-ben Genovában aranyérmet nyert. 1932-ben nyugdíj nélkül eltávolították a főiskoláról, 1933-tól haláláig Rázsó Klára magániskolájában tanított. 1933-ban a debreceni Déri Múzeumban, 1960-ban a budapesti Magyar Nemzeti Galériában volt gyűjteményes kiállítása. Élete utolsó éveiben festett képein (Dinnyés csendélet; Ősz) ismét felfokozta a színeket, virágcsendéleteinek dús, eleven vegetációja kolorizmusának káprázatos erejét mutatja. Művészeti elveit több cikkben is összefoglalta. 1939-ben halt meg. Festészetét az eleven színvilág, a lüktető fények, a virtuóz ecsetkezelés jellemzi.