Apja,
Istvánffy József a veszprémi püspök, majd a győrszentmártoni (ma
Pannonhalma) később a bakonybéli bencések muzsikusa (orgonista) volt, első
zenei leckéit valószínűleg tőle kapta. Később Kismarton zenei légköre,
Gregor Joseph Werner művészete jelentett számára inspirációt. 1757-ben
orgonista állást töltött be gróf Széchényi László házi kápolnájában
Sopronban, 1758-tól pedig Széchényi Antal grófnál Nagycenken. 1764-ben
próbajátékra ment Győrbe, mert a Mechler András halálával megüresedett győri
karnagyi állásra pályázott. Zichy püspök és egy meghallgató bizottság előtt
játszott. Ennek eredményeként 1766-tól haláláig az ottani székesegyház
karnagyává és orgonistájává választották. Hasonlóan elődei és kortársai
templomi szolgálatához, az ő feladata is többrétű volt: gondoskodott a misék
és zsolozsmák zenei feladatainak ellátásáról, ami részben a gregorián
tételek, részben a kortárs egyházi zeneművek előadását jelentette, de
magában foglalta a nagyobb egyházi ünnepek alkalmából készített kompozíciók
előadását is. Istvánffy egyszerre volt betanító, kottamásoló, zenekari
titkár, gondnok, zeneigazgató és zeneszerző, de emellett az ő feladata volt
a székesegyház mellett működő papnevelde kispapjainak és a kórusban éneklő
kisfiúknak az oktatása is. Emellett komponált, és különböző szerzetesrendek,
elsősorban a jezsuiták zenei rendezvényein lépett fel. 1773-76 között (a
rend feloszlatása után), saját énekkart és zenekart vezetett a jezsuita
templomban. A 18. század legjelentősebb magyar zeneszerzője, alkotásai a
késő barokk és a klasszika közti átmenetet képviseli. Mindössze két miséje,
egy
Glóriája
s hét rövidebb egyházi műve maradt fenn, világi kompozíciói - ha voltak -
megsemmisültek. Művészetét a kórus és zenekar egymásra felelgetései,
polifónia és homofónia egyaránt jellemzik. Rövidebb lélegzetű művei közül
való az adventi Mária-misék Introitus tétele, a
Rorate caeli
kezdetű zenekar kíséretes motetta, melynek formai felépítését a latin
szöveg, az Introitus versének szerkezete határozza meg. Bár témái nem az
eredeti gregorián dallamból származnak, a három szakaszt a zsoltárvers soron
következő részének gregorián intonációja választja el egymástól. Sajátosan
ötvöződik itt a szonátaforma elve a barokk ellenpontszerkesztéssel: a főtéma
minden új zenei egységben fugatőként indul, s csak a zenekari köz- és
utójátékokban jelennek meg a klasszikus periódusra jellemző "gáláns"
dallamformulák. A győri székesegyház kottatárában fennmaradt másolatai
bizonyítják, hogy jól ismerte az Esterházy-udvar zeneéletét, a régebbi és a
kortárs zenét egyaránt. Győrben töltött évei alatt a székesegyházi repertoár
bővítését is kötelességének érezte: 140 kortárs német-osztrák és olasz
kompozíciót – főleg Werner-műveket – másolt le.