Nemesi rangú, de polgári életmódot folytató család sarjaként született Pesten 1535. február 22-én. Szüleit Pest török kézre kerülésekor, 1541-ben elvesztette, és ezután felvidéki rokonai nevelték. Kassán volt diák, de tizennyolc éves korában egy Habsburg-ellenes diákcsíny miatt börtönbe csukták, majd amikor sikerült megszöknie, a Felső-Tisza vidékére menekült. 1557-ben elbúcsúzott hazájától, és külföldre ment. Előbb Padovában tanult, majd a humanista filológia egyik fellegvárában, Bécsben. 1558-ban itt készült Szophoklész-átdolgozása, a magyar Élektra. Később Wittenbergben a reformáció eszméinek harcosa lett. A hatvanas évek elején hazatért, és világi értelmiségiként próbált boldogulni. Egy ideig Huszár Gál mellett volt nyomdászsegéd, majd Ferdinánd bécsi kancelláriáján dolgozott. Végül 1564-ben prédikátor lett Balassi János zólyomi udvarában, és egyúttal a két Balassi-fiú, Bálint és Ferenc nevelője. Mikor 1569-ben Balassi Jánost koholt vádak alapján letartóztatták, Bornemisza Julius Salm gróf szolgálatába szegődött. Előbb Galgócon, majd a Salm-uradalom központjában, Semptén működött mint prédikátor. A környék protestáns papjai nemsokára szuperintendensükké választották. Semptén Bornemisza könyvnyomtató műhelyt rendezett be, és harcolt Telegdi Miklós nagyszombati katolikus püspökkel, aki nagy eréllyel szervezte az ellenreformációt. 1578-ban perbe fogták az Ördögi kísértetek című művének kiadása miatt, és gazdája elűzte Semptéről. Bécsben járván elfogták, de ezúttal is sikerült megszöknie a börtönből, és Balassi Menyhárt fiánál, Istvánnál talált menedékre Detrekő várában. Hátralévő éveiben itt és a közeli Rárbokon dolgozott énekgyűjteményén és a korábban már öt kötetben kiadott prédikációinak egykötetes kiadásán. 1584-ben Rárbokon halt meg.

Bornemisza Péter műveltségében és munkásságában szerves egységbe olvadt a humanizmus és a reformáció. Hívő és harcias protestáns prédikátor volt a katolikus és királyi Bécs hatósugarába tartozó Felvidéken, és emiatt viszontagságosabb sorsú, mint kelet-magyarországi és erdélyi társai. Ugyanakkor náluk többet szívott fel magába a humanista tanításokból, és mint sokoldalú, ellentétektől és kétségektől tépett reneszánsz embert erősen foglalkozatta saját és mások lelkivilága. Hatalmas irodalmi munkásságot fejtett ki, s legtöbb művét saját nyomdájában nyomtatta ki. Prédikáció-gyűjteményében kora uralkodó osztályának minden bűnét felsorolta. Lírai versei közül a tizennyolc éves korában írott Siralmas énnéköm ... című verse emelkedik ki. Ez a magyar nyelvű líra első remeke: személyes sorsát kesergi el benne, s ugyanakkor hangot ad az ország tragédiájának is, amikor egyaránt elítéli a törököt, a németet és a magyar urakat. Bornemisza Péter volt Heltai Gáspár mellett a magyar széppróza másik megteremtője.